A lelkipásztorok alapfizetése, amelyet a 218/1949-es törvény szerint  az állami költségvetés biztosítja, utoljára öt évvel ezelőtt módosult. Akkor is azért, mert a közalkalmazottak bérét is megemelte a hivatalban lévő kormány. Egy 2005-ben elfogadott törvény alapján ugyanis az egyházi tisztviselők bérének a közalkalmazottakéval egy időben és ugyanolyan mértékben kell emelkednie. Mivel a következő évre az állami szférában dolgozók bérének emelését is támogatta a kormány, így az egyházi tisztviselők fizetésének módosítására vonatkozó Marek Madarič kulturális miniszter által beterjesztett javaslat is zöld utat kapott. Így 2014. január elsejétől  egy kezdő lelkipásztor bruttó alapfizetése 321,11 euró lesz. 2013-ban a minimálbér 337,70 euró volt, 2014-ben pedig 352 euró lesz, amelyet az iskolai végzettségtől függetlenül a nyolc órás munkaidőben dolgozó munkásnak meg kell kapnia. Eddig az ötéves egyetemi tanulmányait befejező teológushallgató, akinek az egyházi szolgálatba lépése előtt abszolválnia kell az első lelkészképesítő vizsgát is, eddigi alapfizetése három évig 305,11 eurót tett ki.

A Szlovákiai Református Keresztyén Egyházban közel 230 lelkészi jellegű személy (lelkipásztorok, segédlelkészek, léviták)  fizetését biztosítja az állami költségvetés. A lelkipásztorok beosztásuk és a ledolgozott éveik alapján öt kategóriába vannak besorolva. A legalacsonyabb kategóriába a léviták és segédlelkészek tartoznak, őket követik a második lelkészképesítő vizsgával is rendelkező lelkipásztorok, majd az esperesek és a zsinati képviselők. Eggyel nagyobb bérkategóriába kaptak besorolást a püspökhelyettesek. A legnagyobba pedig a püspök tartozik, akinek az alapbére nem éri el a Statisztikai Hivatal által kimutatott átlagbért.

Szlovákiában 12 elismert egyház részesül támogatásban az állami költségvetésből.