Trianon után a Csehszlovák Köztársaságban nehezen találta, de gyorsan elkezdte keresni helyét a református egyház. Bár lelkészeit hűségeskü letételére kényszerítették és törvényei az államtól nem nyertek az 1938-as visszacsatolásig semmilyen elismerést, mégis talpra tudott állni. Három egyházkerületet szervezett meg (a dunáninnenit, a tiszáninnenit és a kárpátaljait), gyülekezeteinek száma 492 volt, a kezdetekkor 223 168 egyháztagot tartott számon. 1925-ben Losoncon Teológiai Szemináriumot hozott létre, Komáromban pedig 1935-től református tanítóképzőt működtetett. Élni akarásának ékes bizonyítéka volt erős, nyomtatott sajtója is.

A II. világháborút követően az állami hatóságok támogatásával olyan szabályrendeletek születtek, melyek a magyarellenes intézkedéseknek a református egyházba való begyűrűzéséhez jelentősen hozzájárultak. Rendkívül súlyosan érintette a református egyházat a szlovákiai magyarok Csehországba való deportálása és Magyarországra való áttelepítése. A kommunista hatalomátvétel után  az egyházügyi hivatalok felállítása  lebénította, takaréklángra állította és a templom falai közé szorította az egyház tevékenységét.
Az 1989-es társadalmi fordulat váratlanul érte a református egyházat, de új lehetőségeket, munkaterületeket nyitott meg előtte. A Zsinat 1991 novemberében új egyházalkotmányt fogadott el, a teljes tisztújítás pedig 1995-ben kezdődött meg.

Napjainkban a Szlovákiai Református Keresztyén Egyháznak – amely egy egyházkerületet képez kilenc egyházmegyével (közülük kettő szlovák) – jelenleg 204 anya-, 103 leányegyházközsége és 59 szórványgyülekezete van. Népszámlálási adatok szerint a Felvidéken majd 100.000 a reformátusok száma. A hívek lelkigondozását 235 lelkész végzi, közülük mintegy 200 a magyar. A rendszerváltás előtti nagy lelkészhiányt sikerült felszámolni, mára minden életképes gyülekezetnek van saját lelkésze, sőt folyik a második lelkészi állások kialakítása és betöltése is.

Az elmúlt két évtizedben kibontakozott a szervezeti élet. Megalakult a Szlovákiai Magyar Református Lelkészegyesület, a Fiatal Reformátusok Szövetsége (Firesz), a Szlovákiai Református Keresztyén Nők Egyesülete, a Református Mentőmisszió, a Szlovákiai Református Keresztyén Egyház Egyházzenei Osztálya és a Diakóniai Központ. 2002-ben kezdte meg működését Rimaszombatban a Szlovákiai Református Keresztyén Egyház Tudományos Gyűjteményei. Szervezetként jelenleg kezdi meg működését  a presbiteri szövetség. Több ifjúsági és tanulmányi központtal is a szolgálatok lehetősége bővült.

A Egyházunkban öt alapiskola, két gimnázium és egy óvoda működik. 1990-ben beindult  a katechétaképzés, 1994-től folyik a teológusok képzése is (előbb a komáromi Calvin János Teológiai Akadémián, majd a Selye János Egyetemen). 1998-tól intenzívvé vált a kántorképzés, az első kántori okleveleket 2002-ben adták ki.

Látványos területét képezik az egyház munkájának az épületfelújítások és építkezések, amik részben önerőből, részben testvéri támogatásból valósultak meg. A rekonstruált templomok, parókiák, egykori iskolaépületek száma meghaladja a 180-at, miközben épült tíz új templom és pár parókia is.

Egyházunk  a 2009-ben létrejött egységes Magyar Református Egyház megalakulása idején különböző külső okok miatt  csupán együttműködéséről  biztosította a magyar református egységtörekvést, viszont a 2011. június 21-én  a Generális Konvent temesvári ülése keretében már sor került a csatlakozási dokumentumok ünnepélyes aláírására.

A számunkra oly fontos Kárpát-medencei református egység mellett a  egyházunk tagja a Szlovákiai Egyházak Ökumenikus Tanácsának, az Egyházak Világtanácsának, a Református Világszövetségnek, az Európai Egyházak Konferenciájának és testvér-egyházkerülete a Királyhágómelléki Református Egyházkerületnek.

Mindezért egyedül Istené a dicsőség!