Az Egyházzenei Osztály lehetővé teszi a szakmai együttműködést kántorok és egyházzenészek között segítve a kántorok, gyülekezeti énekkarok, zenei csoportok munkáját. Feladata: kántorok képzése, az ökumenikus és nemzetközi egyházzenei kapcsolatainak kiépítése és ápolása, egyházzenei alkalmak szervezése, úgymint: zenés áhitatok, kántor- ,ill. kórustalálkozók, egyházzenei konferenciák, szakmai napok, egyházzenei napok, gyermekkórustáborok, felnőtt és ifjúsági kórustáborok és kórushétvégék szervezése, továbbá kiadványok, publikációk megjelentetése, egyházzenei internetes honlap szerkesztése, éves szórólap és reklámanyag készítése.

Az Egyházzenei Osztály tagja az European Conference for Protestant Church Music európai szervezetnek és a Magyarországi Egyházzenei Társaság-nak. Az Egyházzenei Osztály legfőbb szerve az Egyházzenei Osztály Igazgatótanácsa. Az Igazgatótanács 5 tagból áll, akiket az Igazgatótanács javaslatára a Zsinati Tanács választ meg három évre. Az Országos Egyházzenei Igazgató az Egyházzenei Osztály statutáris képviselője, mandátuma szintén három évre szól.